在日本这一“怪兽大国”，人们的日常生活遭受着怪兽的无情破坏。　　主人公日比野卡夫卡，小时候住的城市遭到破坏，他与青梅竹马亚白米娜做出了“将怪兽全部消灭”的约定。　　然而，32岁的卡夫卡梦想破灭，就职于一家怪兽尸体解体公司“怪兽清洁公司”。　　相比米娜作为日本防卫队队员而日渐活跃，卡夫卡每天都过着忧郁的生活。　　过来打工的市川莱诺告诉他，防卫队的年龄限制将会提高，并劝他去参加入队考试。　　...

在防卫队长官四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者鸣海弦出现在了卡夫卡面前。鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面怪兽8号那过于强大的力量。但与此同时，怪兽9号的威胁也在暗中逼近...